世界中に戦争を引き起こして、各国に武器を売りさばく死の商人“黒い幽霊団”（ブラック・ゴースト）。彼らは戦争用サイボーグ兵士を開発するために、世界中から人間を連れ去っていた。ブラック・ゴーストに改造され、ゼロゼロナンバー9人目の戦士・009となった島村ジョーだったが、同じように改造された8人のサイボーグ戦士とともに反旗を翻し、ブラック・ゴーストから脱走する。9人のサイボーグ戦士たちは、哀しみを胸に、それでも人間の平和のため力を合わせて闘いの日々を送るのだった。